Maahad Tahfiz Al-Quran (MTAQ) telah ditubuhkan pada tahun 1992. Ia wujud hasil daripada cadangan yang telah dibuat oleh Y.A.B. Tuan Guru Dato’ Nik Abdul Aziz bin Nik Mat setelah menerajui Kelantan sebagai Menteri Besar pada tahun 1990. Yayasan Islam Kelantan (YIK) pada ketika itu yang berada di bawah Haji Abdul Samad Mahmood selaku Pengarah telah menjunjung tinggi cadangan ini dan mengambil inisiatif untuk mengendalikan pengurusan MTAQ.
Seramai 30 orang pelajar dipilih untuk menjadi generasi sulung pelajar MTAQ. Pendaftaran pelajar ialah pada 5 Januari 1992 dan pada ketika itu, mereka ditempatkan di bangunan Lembaga Peperiksaan YIK, Nilam Puri kerana Kompleks MTAQ masih lagi dalam pembinaan. Dua orang guru telah dilantik iaitu Ustaz Mohd Mansor bin Hj Mohd Daud selaku Pengetua dan Ustaz Nazaruddin bin Jalaluddin selaku guru penolong sebagai tenaga pengajar dengan dibantu oleh beberapa orang pegawai YIK.
Mereka kemudiannya beralih ke tempat baru, iaitu Kompleks MTAQ di Pulai Chondong pada 16 Mei 1993. Kompleks MTAQ pada ketika itu sudah siap binaan asasnya, dengan sebuah bangunan di atas tanah seluas 4.8 ekar. Walaupun para pelajar terpaksa menghadapi segala kekurangan dari segi prasarana dan kemudahan, namun mereka berjaya mengikuti segala proses pembelajaran seperti mana yang diharapkan oleh kerajaan.
MTAQ menjalankan program imam tarawih buat kali pertama pada bulan Ramadan tahun 1413 Hijrah. Sebilangan pelajar dipilih untuk bertugas sebagai imam tarawih dan pentazkirah di beberapa jajahan sekitar negeri Kelantan sebagai latihan untuk menghadapi masyarakat setempat. Program yang dijalankan ini mendapat sambutan hangat dari semua penduduk negeri Kelantan dan secara tidak langsung memperkenalkan MTAQ di kalangan masyarakat dalam dan luar Kelantan.
Antara kejayaan yang mula-mula dicapai oleh MTAQ ialah Anugerah Sekolah YIK Terbaik SPM 1997 dan Anugerah Sekolah Terbaik YIK STU 1997. Kejayaan yang diraih ini sekaligus menjawab persoalan di kalangan masyarakat bahawa menghafaz al-Quran tidak menghalang kecemerlangan di dunia.
Kemudahan dan prasarana MTAQ juga ditingkatkan dari semasa ke semasa. Pada tahun 1998, beberapa binaan ditambah. Antaranya ialah bangunan pentadbiran, dua unit bangunan asrama, perpustakaan, masjid, dewan makan dan dua unit kuarters guru. Kakitangan pengurusan MTAQ juga bertambah menjadi seramai 21 orang, termasuk empat orang kakitangan sokongan. Pada 1 Januari 1999 Pengetua MTAQ telah bertukar kepada Ustaz Ibrahim bin Mat Ali.
Majlis Pelajar (MP) ditubuhkan secara rasminya pada tahun 2000. MP merupakan sebuah pertubuhan pelajar yang menjadi penaung kepada beberapa buah badan di MTAQ seperti Badan Dakwah & Kepimpinan, Badan Disiplin dan Badan Asrama. Penubuhan MP telah memantapkan lagi proses pelaksanaan aktiviti kokurikulum dalam kalangan pelajar.
Pada tahun 2001, bilangan kemasukan pelajar telah ditambah kepada dua kelas, iaitu seramai 52 orang. Sehubungan dengan itu, seluas 3.1 ekar tanah dibeli untuk meluaskan kawasan MTAQ. Tambahan pula pihak kerajaan telah membuat tukaran tanah rizab polis di hadapan MTAQ seluas 1.9 ekar dan diserahkan kepada MTAQ. Tanah tambahan ini walau bagaimanapun belum dibangunkan lagi kerana dana yang belum mencukupi. Pada tahun 2002 bilangan kemasukan pelajar mula ditambah kepada dua kelas, iaitu seramai 52 orang. Pada 15 Januari 2003 Pengetua MTAQ telah bertukar kepada Ustaz Mohamad Nasir bin Muhamed Hasbullah. Pada 18 Ogos 2003, MTAQ ditukar namanya daripada Maahad Tahfiz Al-Quran kepada Maahad Tahfiz Al-Quran Wal-Qiraat, setelah dipersetujui dalam mesyuarat Jawatankuasa MTAQ.
Sebuah lagi bangunan siap dibina sepenuhnya pada akhir tahun 2003 dan mula beroperasi pada tahun 2004. Bangunan tiga tingkat ini menjadi bangunan pembelajaran utama yang terdiri daripada sembilan buah kelas, sebuah makmal dan sebuah bilik ICT. Dengan beberapa proses pembangunan yang dilaksanakan, MTAQ dijangka akan menerima lebih ramai lagi pelajar setiap tahun. Pada 18 Julai 2004 Ustaz Mohd Mansor bin Hj Daud kembali semula sebagai Pengetua MTAQ.
Pada 26 Mei 2005, Ikatan Keluarga Maahad Tahfiz Al-Quran Wal Qiraat (IKRAM TAHFIZ) telah ditubuhkan secara rasmi dan telah membuka Kedai IKRAM pada 26 Mac 2006 untuk menjual segala keperluan pelajar. MTAQ telah membuat satu program dakwah orang asli (PRODOA) pada 9-11 Mei 2006 dengan motonya, “Islam Untuk Semua” yang bertempat di Pos Tohoi, Gua Musang. Program tersebut telah disertai beberapa pegawai kerajaan dan dirasmikan oleh Exco Pembangunan Islam dan Dakwah negeri Kelantan ketika itu, YB Ustaz Hasan Mahmod. Seramai 50 orang warga MTAQ termasuk Pengetua dan guru-guru pengiring telah mengikuti program tersebut.
Pada akhir tahun 2006 pihak kerajaan telah membeli lagi sekeping tanah seluas 2.9 ekar untuk membina sebuah masjid. Dengan pembelian tanah ini menjadikan keluasan tapak MTAQ berjumlah 12.7 ekar. Pembinaan masjid ini adalah untuk memberi kemudahan kepada pelajar-pelajar, orang ramai dan pelancong-pelancong yang berkunjung ke Kelantan. Sempena dengan perancangan pembinaan masjid ini, pihak MTAQ telah menyiapkan dua unit kuarters guru, satu daripadanya dikhaskan untuk Pengetua dan telah mula diduduki pada 3 Febuari 2007.
Pada 6 Febuari 2007, KDYMM Al-Sultan Kelantan telah berkenan mencemar duli merasmikan Majlis Perletakan Batu Asas pembinaan Masjid Keputeraan Mukim Maahad Tahfiz. Pembinaan masjid ini menelan belanja sebanyak RM3.9 juta dan siap sepenuhnya pada akhir tahun 2008. Pihak JKR telah menyerahkan binaan masjid ini Bahagian Pembangunan Negeri Kelantan pada 14 Disember 2008. Majlis perasmian pembukaannya dijangka dalam program Sambutan Hari Keputeraan DYMM Sultan Kelantan 2009.
Pada 22 Oktober 2007, MTAQ menerima kemasukan seramai 53 orang pelajar dari salah sebuah maahad tahfiz cawangan di Pasir Putih yang telah mengalami bencana kebakaran. Manakala baki yang lain dari sekolah tersebut telah dipindahkan ke satu lagi cawangan MTAQ di Pasir Mas.
Pada Febuari 2008 pihak MTAQ telah mula membina dua unit lagi kuarters guru dengan anggaran kos sebanyak RM100,000.00 dan dijangka siap pada Mac 2009. Untuk menampung pertambahan pelajar yang akan belajar di tingkatan empat daripada MTAQ cawangan Pasir Mas bermula sesi 2009, bermula pada 21 Ogos 2008 pihak YIK telah mula membina satu lagi bangunan asrama dua tingkat dengan kos sebanyak RM442,835.00 dan telah diduduki oleh pelajar sebahagian daripada bilik-biliknya pada 3 Januari 2009. Asrama ini dijangka siap sepenuhnya pada akhir Febuari 2009. Pihak MTAQ juga pada tahun ini sedang merancang satu lagi bangunan kelas pengajian untuk menampung pertambahan pelajar yang akan datang menyambung pengajian di tingkatan empat daripada cawangan-cawangan MTAQ.
Pada hari ini MTAQ berdiri gah di mata masyarakat sebagai sebuah pusat tahfiz yang berprestij dan berperanan melahirkan generasi huffaz yang bakal menjadi pemimpin masyarakat di masa yang akan datang.